Es una villa de antigua historia, solar del linaje y apellido de su nombre, emparentado siempre con casas de la más alta nobleza. Rodrigo Pérez de Villalobos, a finales del siglo XII, dominaba el sector central de la frontera leonesa con Castilla por ostentar la tenencia de Villalpando, Mayorga y Toro.

Sede del señorío de los Villalobos, poseyó fortaleza con castillo y cerca, que aparece mencionada en el documento fundacional del Convento, donde se dice que se construirá junto a la puerta del burgo y que parte de sus ingresos procederán del pago del portazgo.

Gozó de fuero (1173), cuyas condiciones atrajeron a nuevos pobladores, entre ellos judíos, cuya presencia aquí está bien documentada.

En tiempos de las guerras de los Trastámaras, los portugueses e Ingleses, que cercaron Benavente, asolaron Villalobos.

Con el tiempo se convirtió en Señorío de los Condes de Villalobos, que tenían aquí su palacio señorial, más tarde convento de Clarisas.

Contó con hospital (Lazareto).

En el siglo XIX desaparecen los señoríos y se desamortizan las posesiones de la Iglesia. A mediados de este siglo se integran todas estas tierras en la moderna provincia de Zamora.