Sus asentamientos humanos se inician en el Paleolítico con industrias achelenses, vasos del Bronce y restos de la Edad del Hierro en las cercanías de las Lagunas.
Abundan los yacimientos romanos, posible presencia de una “villae”, donde confluían varias calzadas romanas, destacando la Fuente de San Pedro o el yacimiento de Valorio.

El descubrimiento del Tesorillo visigodo y la buena organización altomedieval en la  explotación salinera indican continuidad en la ocupación del espacio, cuya población se incrementa en el siglo IX con la llegada de mozárabes y gentes del norte. Villafáfila se convirtió en el centro de la Lampreana, aumentando el número de aldeas.

Alfonso IX entregó la villa a la Orden de Santiago en 1229. En su momento de mayor apogeo medieval, tuvo alfoz propio y contó con diez parroquias. En 1506 fue testigo de la Concordia de Vilafáfila, que finalizaba las disputas entre Fernando el Católico y Felipe El Hermoso. Los agobios financieros de Carlos V propiciaron su venta en 1542 a Bernardino Pimentel, quien uniría Villafáfila a la casa de Tábara.

A finales del siglo XIX mantenía aún tres parroquias en su territorio, con numerosos lugares despoblados por crisis demográficas y desinterés por la explotación salinera.