Esta zona tuvo una ocupación humana muy temprana, según se deduce de los últimos hallazgos. En tiempos protohistóricos ocupaba estas tierras el pueblo celtibérico, con economía productiva de cereales, que vivía en poblados fortificados o castros, y cuyas viviendas se levantaban con barro y sus derivados, dos elementos, los cereales y las construcciones, que son en la zona una constante histórica. 

La llegada de los romanos supuso la integración del territorio en una demarcación administrativa llamada convento jurídico cluniense, con sede en Clunia (Coruña del Conde).

Ya en época medieval, Alfonso III decide iniciar la repoblación del territorio mediante gentes procedentes de distintos lugares. Más tarde, San Isidoro de León tenía en la zona importantes propiedades, gracias al apoyo de la familia de los Alfonso-Villalobos.

En el siglo XIV, como consecuencia del hambre, la peste y las continuas guerras, además de las crecientes cargas fiscales, la población retrocede y son abandonadas ocho poblaciones en el alfoz de Villalpando.

Tras las vicisitudes de la Guerra de la Independencia, Vega de Villalobos pasa a integrarse, a mediados del XIX, con todos los pueblos del alfoz, en la actual provincia de Zamora.