En el Cerro de los Tesoros encontramos restos de un núcleo urbano con materiales datados en el alto imperio romano. Habría una continuidad en el doblamiento, pues su templo visigótico data del siglo VII, que fue hospedería de peregrinos, y en el año 907 recibió de Alfonso III la donación de Valdeperdices, siendo luego Priorato dependiente de Celanova.

El Señorío de San Pedro de la Nave, de la orden de San Benito, estuvo integrado por esta localidad, El Campillo, Villanueva, La Puebla, Valdeperdices y Villaflor. Los frailes benitos ejercían su jurisdicción con derecho de barca y pesca sobre el río Esla, y cañal en el río Aliste.

Almendra pertenecía a la Mitra Episcopal de Zamora, cuyos obispos dieron varios Fueros en el siglo XIII para organizar su repoblación e impulsar la construcción de aceñas. Los vecinos de estos lugares pagaban a sus respectivos señores tributos feudales por el aprovechamiento del término, monte, pastos y agua. Estos señoríos eclesiásticos se mantuvieron hasta la Desamortización.