La presencia humana en estas tierras debió ser muy temprana, según algunos hallazgos, como el de un yacimiento megalítico (Teso del Oro). Ocuparon esta zona más tarde los vacceos, celtíberos que cultivaban cereales.

En tiempos medievales, Alfonso III decide repoblar la zona con gentes de variados lugares. Por entonces se funda San Martín, mencionándosele en documentos del Monasterio de Sahagún (León).

Formó parte del alfoz de Villalpando, provincia del Condestable de Castilla, agregado a Burgos (siglo XVI). Se incorporó a Zamora (siglo XVII), hecho consolidado al crearse las actuales provincias a mediados del XIX.

Fue a comienzos del XIX cuando se produjo uno de los más dolorosos acontecimientos de la historia local, en la Guerra de la Independencia contra los franceses. Los españoles capturaron allí a ocho soldados galos de la guarnición de Villalpando, siendo fusilado uno de ellos. El general francés Jouniers ordenó una contundente represalia, incendiando el pueblo y ahorcando a cuantos hombres fueron capturados, catorce en total, en las ramas de un mismo árbol. Sus restos recibieron sepultura en la iglesia parroquial en 1824. Durante mucho tiempo, a la entrada del pueblo, donde se decía que estaba aquel árbol, los naturales rezaban una oración en su recuerdo.