Encontramos vestigios prehistóricos de indudable valor en los yacimientos de Casilla de Flores, Rascollobos y Los Cascajales, y restos romanos en Vicus Aquarium, villa romana que atravesaba la Calzada de la Plata, siendo también de gran interés los yacimientos de  El Castellón, Castrilcabrero y Viñalbo en Fontanillas. En la Edad Media, este lugar estuvo influenciado por el Monasterio de Moreruela, que recibió la donación de la granja de Fontanillas para realizar la obra de su iglesia.

La historia de San Cebrián estará unida a Castrotorafe, importante fortaleza medieval por su valor estratégico con el puente sobre el río Esla. Alfonso III la fortificó, y Alfonso VII le otorgó el Fuero de Zamora en 1129. En 1176 pasa definitivamente a la Orden Militar de Santiago, con nuevo fuero, quedando bajo su jurisdicción Villalba, Perilla, Olmillos, Fontanillas, Piedrahita, San Cebrián y San Pelayo. El derrumbe del puente en el siglo XVI inicia su decadencia y la ruina de su fortaleza en el siglo XVIII, aunque vemos en las casas blasonadas de San Cebrián parte de ese pasado esplendoroso.