El asentamiento actual de Piedrahita se relaciona con la población medieval efectuada por los reyes cristianos. Varias instituciones eclesiásticas tuvieron aquí un importante patrimonio rústico, como el Cabildo de la Catedral y los monasterios de San Jerónimo y el de la Santísima Trinidad, o la parroquia de N ª S ª de los Remedios de Zamora.

Perteneció a la Encomienda de Santiago, gozando el Prior del Monasterio leonés de San Marcos amplia jurisdicción sobre el lugar, aunque lo vemos como lugar de realengo de la Tierra del Pan en la Edad Moderna. Se fundó una Pía Memoria en 1627 que entregaba una dote a las jóvenes huérfanas para que pudieran casarse, y en su término se levantaba la ermita de la Vera Cruz, hoy desaparecida.

En 1585, durante el reinado de Felipe II, el Concejo de Piedrahita compró al Reino 576 fanegas por 239.323 maravedíes de terreno baldío en Moreruela de Miro. A causa del aprovechamiento del terreno de este despoblado, los Concejos de Piedrahita y de Moreruela de los Infanzones sostuvieron un pleito. A mediados del siglo XVIII había censados 36 vecinos y 8 viudas; además, otros 15 vecinos residían en Pajarones, un barrio que pertenecía jurídicamente a Pajares.