El asentamiento actual de Pajares está relacionado con la repoblación medieval efectuada por los monarcas leoneses. Un heredero de aquellas empresas, llamado Pedro de Arnales, caballero del rey Fernando II, y sus descendientes realizaron varias donaciones al Obispo y al Cabildo en los siglos XII y XIII. Se efectuaron varias permutas de propiedades y derechos entre el Obispo, el Monasterio de Moreruela y el Cabildo de la Catedral, quien quedó como titular con amplios poderes para nombrar alcaldes.

Tras la guerra de Sucesión de Castilla, Castrotorafe pretendía obligar a los vecinos de Pajares a participar en la reconstrucción de la fortaleza dañada, pero la reina Isabel la Católica los apoyó en sus argumentos por ser lugar de Behetría.

En su término se levantaban antiguamente las parroquias medievales de San Pedro y N ª S ª del Templo, las ermitas de Santa Cruz, San Roque y San Martín, citadas en el siglo XVII y una Memoria para dotar Huérfanas desde 1682.

Los conventos de Santa Marina, Comendadoras de San Juan, y Corpus Christi tuvieron un amplio patrimonio rústico, pero la mayor propietaria era la iglesia de N ª S ª del Templo; entre los seglares figuraba como rico hacendado el Conde de Castronuevo.