En el Teso de la Mora existe un rico yacimiento romano con dos cisternas que indican la instalación permanente de un campamento romano, aunque también encontramos restos interesantes en La Cascajera pertenecientes al Calcolítico o en la estela funeraria de Aravo.

Los reyes cristianos trajeron mozárabes del Sur para repoblar estas tierras como en Merendeses (oriundos de Mérida) o en Alcoba (propiedad del mozárabe Sarracino). Desde la época medieval, el Cabildo de la Catedral mantuvo una influencia permanente sobre su término al recibir la donación de Merendeses en 1157 y de Alcoba en 1183. El Cabildo otorgó un fuero a los pobladores de Merendeses en 1230, que impulsaba la construcción de molinos sobre el río Valderaduey.

Entre sus personajes más célebres destacan Antonio Hernández, fundador de la capellanía de la Concepción y Ánimas, y sus nietos, Andrés Mayoral, obispo de Ceuta y arzobispo de Valencia, y Ambrosio Mayoral, padre del primer Marqués de Villagodio.

En el término actual de Molacillos se levantaban varias ermitas: San Román en Merendeses, San Félix en Alcoba y Cristo del Amparo en Molacillos, además de la parroquia de San Martín. El despoblado de Corranos, como lugar independiente, poseía su propia iglesia, titulada de Santa María.