En los comienzos de la historia, vivían aquí los vacceos, celtíberos y agricultores, que se resistieron tenazmente al avance de los romanos. Según algunos aquí estuvo Intercatia, una de sus ciudades.

Conquistado el territorio los romanos lo integraron en el convento cluniense, con capital en Clunia (Burgos).

Dice la tradición que Cotanes fue en sus orígenes un asentamiento de trashumantes, estando situado al norte de su ubicación actual, entre las salidas de Cabreros del Monte y Pozuelo de la Orden, en una cota ligeramente más alta.

Cotanes quiere decir límite, fin, tal vez del reino de León, junto al monte, y frente a los llanos vecinos. Su origen se remonta a época medieval, al siglo X. Tenía fortaleza, con castillo y cerca (1155), pues Fernando II de León, enfrentado a Castilla, fomentó la creación en sus límites de villas fortificadas. Esa fortaleza seguía existiendo en 1213. Por entonces era una posesión de la catedral de León. Desde entonces, también formaba parte con otros trece pueblos de la zona, del alfoz de Villalpando y, con la integración de éste en la provincia de Zamora, pasó a formar parte de ésta a mediados del siglo XIX.