Aquí se han hallado los restos fósiles de un elefante primitivo, Deinotherium Giganteum (2,5 millones de años), remontándose la presencia humana más antigua a la Edad de Bronce ( pago de La Boyana) y a la Edad de Hierro (El Castillo).

En época protohistórica ocuparon estos campos los Vacceos, agricultores celtíberos, que se opusieron tenazmente al avance romano. Algunos autores sitúan en los arlrededores la ubicación de una de sus ciudades emblemáticas, Intercatia. Se han hallado restos romanos en los pagos de El Centenal y la Fuente de Valdeaguila.

Cerecinos surge con la repoblación medieval (siglo XI), formado por dos núcleos separados por el arroyo de la Vega, Cerecinos de los Barrios y Cerecinos de la Orden, cada uno con su iglesia, Santa Marta y San Juan Bautista, respectivamente. El barrio de Abajo perteneció a la Orden de San Juan de Jerusalén como donación del rey Fernando II de León (1174), el barrio de Arriba perteneció al señorío del Condestable de Castilla. Ambos núcleos permanecieron separados hasta que en el siglo XIX se unificaron administrativamente.

Tuvo parada de postas en el antiguo Camino de Madrid a La Coruña, y un Hospital de pobres, ya muy deteriorado a mediados del siglo XVIII. Cerecinos fue una de las trece villas del señorío de Villalpando que defendió el Voto de la Inmaculada (1466). Es la tierra natal de reconocidos artistas, como el escultor Baltasar Lobo o el pintor Jesús Molina.