Estas tierras fueron ocupadas muy tempranamente, como se deduce de los objetos paleolíticos encontrados en el yacimiento de “El Raso”. También dejaron huella de su paso por estas tierras los romanos, como lo atestigua la figurita de bronce del siglo IV encontrada en el pago de Fuentemiro, que puede contemplarse en el Museo de Zamora.

Este pueblo se remonta al siglo IX, posiblemente repoblado con mozárabes, alza su caserío a las orillas del río Valderaduey. Su nombre hace referencia a las cañas, abundantes en las márgenes de los cauces fluviales con las que, tal vez, se levantaron las cubiertas de sus primitivas viviendas. Se conserva el fuero dado a Cañizo por el Monasterio de Carracedo (1234). Tuvo suerte y sobrevivió, aunque otros no tuvieron tanta suerte.

Sobre una loma y visible desde gran distancia, se eleva, solitaria, la que fue espadaña de la iglesia del lugar de Toldanos, mozárabes venidos de Toledo que en el lejano siglo X levantaron ese poblado, que desaparecería algunos siglos después.

En 1466, Cañizo fue uno de los trece pueblos pertenecientes al señorío de los Condestables de Castilla que hicieron Voto en Villalpando, defendiendo la Inmaculada Concepción de la Virgen.