Restos de cerámica vaccea del Teso de la Cruz y vestigios romanos en las prolongaciones del Teso de la Mora anuncian la presencia de poblaciones en los primeros años de nuestra era, junto a sepulturas en paredes de mampostería o en cajas monolíticas sin datación.

La repoblación realizada por los monarcas leoneses en la cuenca del río Aratoi para consolidar sus posesiones durante la Reconquista dio lugar a esta población. En 1167, Sol Ramnádiz cede a los canónigos e iglesia de San Salvador de Zamora sus derechos para la percepción de los diezmos y nombramiento de clérigos, que le correspondían por la repoblación.

Benegiles acoge en su territorio actual los despoblados de Carralcueva, que perteneció a la Orden Militar de Santiago de la Encomienda de Castro, Villamunio y Figueruela, cercanos al río Valderaduey y, tal vez, Oteruelo.

Destacan las propiedades de bienes rústicos de los conventos de San Bernabé y de Dueñas de Zamora, quienes eran también Patronos de la Iglesia, junto a la Cofradía de los Caballeros de San Ildefonso, los Mayorazgos de los Ocampo, de los Costilla y el Vínculo de Diego Enríquez. Manuel Villachica y Tomás Enríquez fueron los mayores compradores en la Desamortización de las propiedades eclesiásticas.