Los hallazgos arqueológicos indican la antigüedad de sus asentamientos humanos, como los restos achelenses de La Cruz del Tío Ignacio, las sepulturas megalíticas de Las Peñicas o la cabeza femenina romana del Ataúd.

Población nacida a la sombra de una antigua fortaleza mozárabe, pudo tomar su nombre del fundador, derivado en Villaceth, sobrenombre que designa a su monasterio de San Salvador, levantado en 1042, que quedó bajo el dominio de Sahagún. Este lugar se convierte en estratégico, recibiendo atenciones de los monarcas Alfonso VII, quien concedió en 1140 un mercado, o Alfonso IX, que otorgó un fuero en 1208.

Este rey construyó un castillo sobre el monte Tarasa que donó a la Catedral de Zamora, pero que el Obispo cambia por el de Villalcampo, quedando la fortaleza de Belver otra vez integrada en la villa de realengo. El Obispo apoyaba las quejas de los vecinos contra el Priorato de San Salvador para frenar la expansión del Monasterio de Sahagún hacia sus dominios en la comarca toresana.

Del castillo, que fue propiedad del infante Juan el Tuerto y Álvar Núñez de Osorio, aún permanecen restos de tapiales de la cerca que defendía la villa. Belver mantuvo hasta 1895 dos parroquias: Santa María y San Salvador