El hallazgo de un bifaz achelense en su término es el dato prehistórico más antiguo que indica un posible asentamiento en el Paleolítico. La repoblación efectuada durante la Edad Media está en el origen de su emplazamiento actual, cuya primera mención documental viene datada de 1174 con la venta de una heredad.

Aunque era lugar de realengo, el Cabildo de la Catedral de Zamora tuvo una presencia permanente en Andavías como gran propietario de bienes rústicos, cuya nómina de instituciones eclesiásticas hacendadas continúa con el convento de monjas de Santiago y el monasterio de San Jerónimo. La cercanía a la capital le origina algunas incomodidades cuando el rey Fernando ordena, en 1509, a García Alonso de Ulloa, veedor general de tropas, que sitúe el ejército en Andavías a requerimiento de los regidores de Zamora.

A mediados del siglo XVIII, su Concejo poseía una fragua y un Pósito de 200 fanegas de trigo para socorrer a sus 43 vecinos en los momentos de necesidad. Llegó a contar con tres ermitas: Vera-Cruz, San Pedro y Nuestra Señora del Piñedo. En su término tenían propiedades la Marquesa de Tábara, el Conde de Santibáñez y los Mayorazgos de Ventura Sotelo y el de Los Miranda.